La raccolta faunistica comprende più di 230 esemplari animali stanziali e migratori. Gli uccelli, suddivisi in 18 Ordini, rappresentano, nella loro totalità, la fauna europea. Interessanti alcune ambientazioni di zone palustri e zone boschive fedelmente ricreate dai dipinti del prof. Fausto Scalvini e dalla minuziosa opera del comitato esecutivo del Museo Oglio-Chiese. Tuttora presenti nel nostro bacino idrografico sono: Gallinelle d'acqua, Aironi, Nitticore, Germani reali, Tuffetti, Folaghe, Garzette, Svassi maggiori. Altre specie nidificati di notevole interesse sono: Martin pescatore, Basettino, Pendolino, oltre al Tarabusino, Cucolo, Cutreccola, Pispola, Usignolo, Cannaiola, Picchio rosso, ecc. Tra i mammiferi, oltre al Tasso e alla Faina, sono presenti la Volpe, la Martora, la Nutria.

	Sala della fauna "I mammiferi" - ambientazione
Sala della fauna "I rapaci notturni" - ambientazione
	Sala della fauna nelle Valli Oglio-Chiese
Sala dei sistemi di caccia e pesca "La palude" - ambientazione

In questa sala dedicata agli animali non potecano mancare i sistemi di caccia e pesca (200 reperti esposti) di quando queste tecniche, tramandate per secoli, erano utilizzate per integrare l'alimentazione quotidiana. Il pescatore di professione era un profondo conoscitore del proprio ambiente, dell'andamento, del comportamento del fiume, delle abitudini, degli spostamenti dei pesci, era abile navigatore, in particolare quando il fiume era in piena, conoscitore e costruttore degli strumenti e dei sistemi di pesca. Sono esposti vari tipi di tecniche con i relativi strumenti: "bilansi, bertavei, nasi, stramac, sburlera, ligunsa, sfroseni, curden", ecc. Si può affermare che ad ogni tipo di pesce corrisponde una tecnica precisa per la sua caccia: anguille, carpe, pesci gatto, lucci, cavedani, gobbi, persici, ecc. Ai ragazzi invece spettavano preferibilmente: "boss, gamber, zerli, auli e stret".
Anche per la caccia era indispensabile conoscere non solo l'habitat ma le abitudini e gli spostamenti degli animali, i flussi migratori stagionali o gli spostamenti condizionati dalle condizioni climatiche. Numerosi i tipi di caccia, da quella di fauna di palude a quella delle rive o dei prati, alla classica caccia di lepri o fagiani fatta generalmente in piccoli gruppi con i cani. Tra gli oggetti esposti oltre alle trappole per mammiferi, inganni di vario tipo - numerosi richiami visivi e sonori per gli uccelli - è di notevole interesse un fucile a canne corte utilizzato dai cacciatori di lontra: il "lontraro".